Angesichts der grossen Probleme beschloss der Konvent 1730 eine grundlegende Neuordnung des Archivs. Pater Meinrad Brenzers Ordnungssystem übernahm die sinnvolle Ämtereinteilung Reimanns, ersetzte aber das komplizierte Classis-System durch eine einfachere, dreifache Signatur mit Ämterbuchstabe, Faszikelbuchstabe und einer arabischen Zahl zur individuellen Kennzeichnung eines jeden Schriftstücks. Aus heute nicht mehr nachvollziehbaren Gründen ignorierten die Archivare den Beschluss des Kapitels weitgehend. Unter den Beteiligten entbrannten gar heftige Auseinandersetzungen um die richtige Ordnung für das Stiftsarchiv.

Hilfe versprach man sich in der zerfahrenen Situation vom Prior der Kartause Ittingen, der 1756 ein Ordnungssystem vorschlug, damit aber auf wenig Gegenliebe stiess. Der Konvent sprach sich schliesslich erneut für Brenzers System aus – ohne dass bei den Direktbetroffenen grosse Begeisterung vorhanden gewesen wäre. Die nächsten Jahre waren jedenfalls durch die Bemühungen der Patres Lukas von der Weid und Bonaventura Müller gekennzeichnet, in Teilbeständen zu St. Gerold, Gachnang oder Eschenz für Ordnung zu sorgen – leider nach unterschiedlichen Ordnungsprinzipien. Erst im November 1771, nach dem Tod Pater Bonaventuras, fand die «babylonische Verwirrung» eine Ende. Der Konvent kam auf den Entscheid von 1756 zurück, installierte Brenzers Archivordnung und ernannte mit Subprior Marian Müller eine Person zum Archivar, die gewillt war, dem neuen Ordnungsprinzip zum Durchbruch zu verhelfen. Müller wurden mit Otmar Rüepp und Gregor Zelger zwei junge Gehilfen zur Seite gestellt. Unterstützung fanden sie auch bei Pater Lukas von der Weid, nach dem die Ordnung oft benannt wird.